上海醫療器械三類經營許可證的辦理流程和所需資料如下：

1. 準備營業執照：申請許可證需要先獲取一個企業營業執照。
2. 確定辦理形式：可以新設、并購或者委托現有企業申請，根據實際情況選擇合適的申請方式。
3. 準備申請材料：包括申請表、法定代表人、負責人身份證明，工商部門出具的預先核準證明，驗資證明，公司章程，組織章程以及法律、行政法規規定必須具備的其他條件。
4. 遞交申請材料：將準備好的材料送交上海市市場監督管理局相關部門，并按照要求提交至該部門。
5. 審核材料：上海市市場監督管理局相關部門會對申請材料進行審核，如果材料不全，會當場或者在規定時間內告知申請者需要補齊的內容。
6. 審核通過并領取證書：如果材料無誤，申請者將會在5個工作日內收到醫療器械經營許可證。

所需材料務必真實有效，具體流程和要求可能因實際情況而有所不同，建議咨詢相關部門獲取具體信息。