申請上海醫療器械三類經營許可證的審批要點包括以下幾點：

1. 需要提供有效企業資質文件，例如工商營業執照、稅務登記證等。
2. 準備醫療器械經營許可證申請表及相關信息，包括企業名稱、地址、法定代表人、企業負責人、許可事項等。
3. 經營設施設備和相關文件，例如租賃合同、房屋租賃證、環境檢測報告等。
4. 質量管理文件及相關信息，例如質量管理制度目錄、操作規程等。
5. 相關部門出具的現場檢查考核結論。

具體的申請步驟如下：

1. 向上海相關行政部門遞交申請，并按照要求提供相關材料。
2. 按照規定進行公示，公開申辦事項，并接受社會監督。
3. 行政審批部門在收到申請后，會進行現場核查，對符合條件的申請人會出具《醫療器械經營許可證》并發放證書編號。

以上步驟僅供參考，建議咨詢當地zhengfubumen或相關部門，獲取具體信息。