預包裝食品銷售備案憑證的辦理流程如下：

1. 申請：申請人向市場監督管理部門提交申請材料。
2. 受理：市場監督管理部門收到申請后，當場或者在五日內決定是否受理。如果申請材料不全，申請人可以在現場申請補齊材料后予以受理。
3. 審查：市場監督管理部門自受理申請之日起，在二十個工作日內作出是否準予許可的決定。
4. 發證：預包裝食品銷售備案材料符合要求的，予以發放備案憑證。如果申請材料存在虛假、不齊全或不符合法定形式要求的，將不予發放備案憑證，并告知申請人。

在辦理過程中，市場監督管理部門可能會進行現場核查，具體請咨詢當地主管部門。