在上海申請預包裝食品銷售備案，可以按照以下流程和材料進行操作：

流程：

1. 經營者向經營主體登記機關提出書面申請，并提交相關材料。
2. 登記機關審查申請材料，材料齊全、符合法定形式的，當場作出準予登記的決定；材料不全、不符合法定形式的，應當當場或者在五日內一次告知申請人需要補正的材料。
3. 經營者完成辦理預包裝食品備案登記后，領取由上海市市場監督管理局制定的《食品經營許可證》。

需要準備的材料：

1. 營業執照或法人登記證等主體證明文件。
2. 經營主體的法定代表人(負責人)的身份證明文件。
3. 食品安全管理人員名單和身份證復印件。
4. 申請備案的預包裝食品在門店內的圖片和銷售憑證。
5. 其他可能需要的材料，例如食品安全管理制度、應急預案、驗收報告等。

以上信息僅供參考，建議咨詢相關部門獲取具體流程和材料。