辦理上海食品經營許可證需要準備的材料包括但不限于以下：

1. 經營者的身份證原件及復印件；
2. 營業執照復印件；
3. 食品安全管理人員身份證及培訓資料證明；
4. 經營場所平面布局圖；
5. 周邊環境圖；
6. 經營者或者從業人員的健康證原件及復印件；
7. 經營者或者從業人員的衛生知識培訓證原件及復印件；
8. 食品安全管理制度文本；
9. 申請食品經營許可的申請書。

辦理流程如下：

1. 申請單位經辦人攜帶本人身份證原件及加蓋公章的復印件前往食藥監窗口登記申請資料；
2. 申請資料提交窗口工作人員，并領取申請回執單；
3. 等待現場核查，工作人員在1~2個工作日內進行現場核查；
4. 根據實際場景核查結果確定是否發放食品經營許可證。

此外，部分特殊行業如需要提供食品安全管理員考核證明的，需要提前預約安排。建議在辦理前詳細咨詢當地相關部門，確保準備的材料符合要求，以順利完成辦理。