上海企業進出口權備案的操作流程如下：

1. 到所在地海關辦理備案手續，需要提交的材料包括海關登記表、對外貿易經營者備案登記表、海關注冊登記證書、企業法人營業執照等。
2. 取得海關備案后，需要向海關申請進出口權，提交的材料包括進出口經營資格證、對外貿易經營者備案登記表、海關注冊證書等。
3. 完成海關手續后，需要向出入境檢驗檢疫局辦理報檢單位備案，并提供企業營業執照、報檢聯系人的電話和地址等相關信息。
4. 接下來，需要進行報關企業注冊登記，包括網上填報和現場提交材料。需要提交的材料包括企業公章、法定代表人身份證原件及復印件、至少一名報關員資格證書等。
5. 完成注冊登記后，可以簽訂代理報關協議，尋找合適的報關行，并取得海關企業編碼。
6. 在備案的電子口岸做一次境內調撥備案，并在法人卡下進行。需要將“貨物貿易外匯監測系統”中的數據及時錄入備案系統或與征信查詢關聯，在聯網查詢中找到對應的預錄單進行勾選。

在整個過程中需要注意文件資料的的真實性、合法性和完整性，并按照規定的時間和步驟進行操作。同時，需要與海關、檢驗檢疫局、電子口岸等部門保持良好的溝通和合作，以確保進出口權的備案和進出口業務的順利進行。

以上流程僅供參考，如有需要，建議您咨詢上海相關部門工作人員。